一、提高土壤有機質含量。

經常施用有機肥能明顯提高土壤有機質含量，有利于維持土壤有機質的穩(wěn)定，改善土壤的理化性狀。

二、促進土壤團粒結構的形成。

土壤有機質、碳酸鈣和多糖類物質對土壤結構的穩(wěn)定性有良好作用。施用有機肥比施用廄肥更能增加土壤有機質的含量，尤其是能產生較多的五碳糖、六碳糖和多糖。這特別有利于水穩(wěn)性團粒的形成，如使大于0.25mm的水穩(wěn)性團粒明顯增加。

三、提供養(yǎng)分。

有機肥中含有作物需要的各種養(yǎng)分，有機肥的使用能明顯提高耕層土壤中養(yǎng)分，尤其是鉀的含量。1995年農業(yè)部對全國12個省份耕地的調查，耕地中磷含量較之1990年以前有所增加，而缺鉀和缺微量元素的耕地面積卻有所擴大，因此大力提倡秸稈還田有利于部分歸還土壤鉀素。

四、調節(jié)土壤的氮素供應。

微生物在分解C/N大的秸稈初期，要從土壤中吸收氮素組成自身的體細胞，導致土壤氮素的生物固定，起到了暫時保存氮素的作用。當微生物死亡后，這部分氮又分解釋放。此外，有機肥的施用增加了土壤中的能源物質，也有利于生物固氮，有機肥料中的有機質含量可達30%左右，相關資料顯示，每氧化1.0g碳素釋放的能量，可供固氮微生物固定10~40mg氮素的需要。

五、提高土壤微生物和土壤酶的活性。

施用有機肥后微生物的數量明顯增加，距離施有機肥處近的土壤尤為明顯，這對加速有機態(tài)養(yǎng)分的釋放，活化土壤中的養(yǎng)分有良好的作用。此外，有機肥還能減少某些作物的病害。