生物有機肥的作用為以下幾點：
1、增進土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉(zhuǎn)變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧?、鉀化合物，改善作物的營養(yǎng)條件。
2、制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產(chǎn)生大量的植物生長激素，刺激和調(diào)節(jié)作物生長，使植株生長健壯，促進對營養(yǎng)元素的吸收。
3、增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。 　
4、減少化肥的使用量和提高作物品質(zhì)使用微生物肥料后對于提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，如蛋白質(zhì)、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質(zhì)的改善比產(chǎn)量提高好處更大。